Ha obtenido varios premios en concursos, entre ellos el Premio Nacional Pablo Sarasate, el Concurso Nacional de Violín Isidro Gyenes, el Concurso Internacional Julio Cardona en Portugal, el Concurso Vittorio Gui en Florencia o el Premio Bonporti de violín barroco en
Rovereto (Italia).

Andoni Mercero ha dirigido, desde el puesto de concertino, la Orquesta Ciudad de Granada, la Orquesta Sinfónica de Burgos, la Orquesta Barroca de Salamanca y la Orquesta Barroca de Sevilla. Es concertino habitual de la Orquesta Barroca de Sevilla, Al Ayre Español y la Orquesta Sinfónica de Euskadi y ha sido concertino invitado de la Ópera de Oviedo, la Accademia Bizantina, I Barocchisti, la Orquesta Filarmónica de Gran Canaria, la Orquesta Sinfónica del Vallés, la Capilla Real de Madrid, la Cetra Barockorchester Basel y la Kammerochester Zürich. Asimismo, colabora regularmente con grupos como Café Zimmermann, le Concert des Nations, le Parlement de Misque, Il Complesso Barocco y The Rare Fruits Council.

Actualmente, es director del grupo Musica Boscareccia, con el cual ha grabado recientemente un CD dedicado a la obra de Francesco Corselli.

Colabora también como profesor con la JONDE y la Academia Música Antigua de la Universidad de Salamanca. En la actualidad, es profesor de cuarteto de cuerda en Musikene.